世界を震撼させた、シリウス大帝国の反乱。 対する地球連合国の迎撃。 主人公の蒲生氏康率いるセンゴク星が陥落し、未開発惑星であるアース星へ脱出。そこで知ったのは、シリウス大帝国がこれから起こそうとしている人類の存亡にかかわる計画である「人類進化計画」の阻止を目的とし、シリウス大帝国と地球連合国の両方の支配下に置かれることを拒否し、反乱を起こす。 魔法が使えるという独自の進化を遂げたＤＮＡを持つ、少年少女４人に忍び寄る黒い影。 シリウス大帝国は、彼らを何に使うのか。何のために「人類進化計画」を遂行する必要があるのか。 少年たちの戦記に迫る！